بررسی تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998)Paraschistura nielseni در رودخانه شاپور (استان فارس) و رودخانه‌های دالکی و مند (استان بوشهر) با استفاده از نشانگرهای میکروستلایت : پایان نامه ارشد مهندسی کشاورزی شیلات

بررسی تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998)Paraschistura nielseni در رودخانه شاپور (استان فارس) و رودخانه‌های دالکی و مند (استان بوشهر) با استفاده از نشانگرهای میکروستلایت : پایان نامه ارشد مهندسی کشاورزی شیلات

کشور عزیزمان ایران با توجه به تنوع اقلیم ، آب و هوای مطبوع و اراضی وسیعی که در اختیار دارد در صورت مدیریت در عرصه کشاورزی میتواند یکی از قطب های بلامنازع کشاورزی دنیا باشد و با پرورش دانش آموختگان خبره در گرایش های مختلف رشته کشاورزی میتوان به این مهم نایل آمد. مسترداک در ادامه به معرفی پایان نامه های کارشناسی ارشد رشته کشاورزی میپردازد. پایان نامه حاضر با عنوان” بررسی تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998)Paraschistura nielseni در رودخانه شاپور (استان فارس) و رودخانه‌های دالکی و مند (استان بوشهر) با استفاده از نشانگرهای میکروستلایت ” با گرایش  کشاورزی شیلات و با فرمت Word (قابل ویرایش) تقدیم شما دانشجویان عزیز میگردد.

 

چکیده بررسی تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998)Paraschistura nielseni در رودخانه شاپور (استان فارس) و رودخانه‌های دالکی و مند (استان بوشهر) با استفاده از نشانگرهای میکروستلایت:

در تحقیق حاضر تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998) Paraschistura nielseni در رودخانه‌های شاپور (استان فارس)، دالکی و مند(استان بوشهر) با استفاده از پنج جفت نشانگر ریزماهواره (IC230، IC228، IC654،Bbar4 وBbar7) برررسی گردید. جهت انجام این تحقیق، تعداد ۹۰ قطعه ماهی(۳۰ عدد از هر رودخانه) نمونه‌برداری وبا استفاده از پنج جایگاه ژنی در مجموع تعداد ۱۲۴ الل برای هر سه رودخانه به دست آمد. کمترین در جایگاه Bbar4 (5 الل) در دو رودخانه شاپور و مند و بیشترین در جایگاه IC654 (12 الل) در رودخانه شاپور مشاهده گردید. متوسط الل مشاهده شده (Na) در رودخانه­های شاپور، دالکی و مند به ترتیب ۴/۸، ۴/۸ و ۸ به دست آمد. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی نشان داد که متوسط هتروزیگوسیتی در رودخانه­های شاپور، دالکی و مند به ترتیب ۴۶۱/۰، ۴۵۲/۰ و ۳۶۵/۰ به دست آمد. متوسط هتروزیگوسیتی Ho و He برای تمامی مناطق مورد مطالعه به ترتیب ۴۲۶/۰ و ۸۱۷/۰ بدست آمد. بیشترین و کمترین میزان Ho به ترتیب برای جایگاه های IC654 (739/0) رودخانه دالکی و IC228 (174/0) رودخانه مند مشاهده شد. در بررسی انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ در جمعیت رودخانه شاپور در سه جایگاه IC230، IC654 و Bbar7، در جمعیت رودخانه دالکی جایگاه IC230 و در جمعیت رودخانه مند جایگاه IC654 تعادل برقرار بوده و در سایر جایگاه­ها انحراف معنی‌داری برقرار بود. نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی براساس شاخص Fst تنوع ژنتیکی درون جمعیتی بالا (۹۸%) و میزان تمایز بین جمعیتی پایینی (۲%) را نشان داد. طبق دندروگرام UPGMA ترسیم شده بر اساس فاصله ژنتیکی، جمعیت­های رودخانه‌های شاپور و مند از هم جدا نشده اما احتمالا جمعیت رودخانه دالکی از جمعیت­های دو رودخانه دیگر جدا شده است.

 

 

كليات

ماهیان آب شیرین در مطالعه جغرافیای جانوری ارزش بی‌نظیری داشته، زیرا با وجود موانع جغرافیایی ماهیان آب شیرین قادر نبوده از آب دریا گذر کرده و حرکت آن­ها از یک حوضه آبخیز به حوضه دیگر به آهستگی صورت می­گیرد (راطبی، ۱۳۷۹؛ عبدلی، ۱۳۷۸). مطالعات جمعیتی و بررسی تفاوت­های بین جمعیتی یک گونه از ماهیان آب شیرین می­تواند نتایج جالب توجهی را به همراه داشته باشد، زیرا معمولا رودخانه­هایی که ارتباط آبی با یکدیگر نداشته به دلیل کاهش تبادل ژنی و عدم تولید مثل بین ماهیان این رودخانه­ها می­توانند جمعیت­های متفاوت از یک گونه را در خود جای دهد. همچنین این مطالعات امکان درک بهتر و بیشتر از وضعیت جمعیت­ها و یا به نوعی ذخایر جمعیتی در شرایط کنونی اکوسیستم­های آبی و تقابل بین گونه و اکوسیستم را فراهم نماید (پاتیمار، ۱۳۸۳؛ قاموسی، ۱۳۷۹).

در فرایند توسعه و پیشرفت اقتصادی هر کشوری توجه به منابع آبی و آبزیان آنها و افزایش ذخایر در آب­های داخلی از جایگاه مهمی برخوردار است (پاتیمار، ۱۳۸۳). ماهی­ها متنوع­ترین گروه مهره‌دارن را تشکیل می­دهند. آنها در بیشتر آب­های جهان گسترده شده­اند و این گسترش به خاطر تنوع شگفت­آوری است که از نظر سازگاری­های ریخت شناسی، فیزیولوژیک و رفتاری از خود نشان داده­اند (ستاری، ۱۳۸۱). کشور ایران در منطقه­ای به لحاظ آب و هوایی و توپوگرافی واقع گردیده که از نظر جغرافیای جانوری بسیار حائز اهمیت است. ماهی­های آب شیرین ایران دارای تنوع نسبتا خوبی هستند. در آب­های داخلی ایران حدود ۱۴۰ گونه وجود دارد که متعلق به سه خانواده کپورماهیان[۱]، سگ ماهیان جویباری[۲] و رفتگرماهیان[۳] هستند (عبدلی، ۱۳۷۸). بررسی ماهیان در بومسازگان­های آبی به دلایل متعدد از جمله بررسی تکاملی، بوم شناختی،رفتار شناسی، حفاظت، مدیریت منابع آبی و بهره برداری از ذخایر و پرورش ماهی حائز اهمیت است.

 

 

ضرورت تحقیق

لوچ ماهی یکی از گونه­های بومی غرب ایران و شرق عراق می­باشد. زیستگاه­های رودخانه­ای مناطق غربی ایران از نظر فاکتورهای زیست محیطی نظیر دمای آب، شوری، شیب رودخانه، نوع بستر، شدت جریان و حجم آب، ارتفاع از سطح دریا تفاوت­های قابل توجهی با یکدیگر داشته، که این تفاوت­ها باعث می­شود به تدریج گونه­هایی حذف شوند و گونه­های دیگری جایگزین آن­ها شود (قلعه نویی و همکاران، ۱۳۸۹). با توجه به اهمیت اکولوژیکی و حفاظتی این گونه به عنوان یک گونه بومی،گستردگی مناطق پراکنش آن،افزایش آلودگی روز افزون آب­های داخلی و عدم وجود مطالعات ژنتیکی در جهت بررسی جمعیت­های مختلف آن در زیستگاه­های مختلف، مطالعه حاضر با هدف بررسی میزان جدایی جمعیت­های این گونه، آگاهی از تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره صورت گرفت.

 

اهداف تحقیق

  • تعیین میزان تنوع ژنتیکی گونه Paraschistur anielseni دربرخی رودخانه­های دو استان بوشهر وفارس.
  • مقایسه تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی گونه Paraschistur anielseni در رودخانه­های مورد بررسی با یکدیگر.

 

فرضیه تحقیق

  • در مناطق مورد بررسی جمعیت­های مستقلی از لوچ ماهی وجود دارد.
  • در مناطق مورد بررسی تنوع درون جمعیتی و بین جمعیتی لوچ ماهی وجود دارد.

 

نتيجه‌گيري كلي

بیولوژی رفتار تولید مثلی و تغذیه نیز بر ساختار ژنتیکی ماهیان تاثیر گذار می­باشد (اباس و همکاران، ۲۰۱۰). ماهیان بالغ در زمان تولید مثل مهاجرت چندان زیادی نداشته و در حوالی محل زندگی خود اقدام به تخم ریزی می­نمایند. بچه ماهیان در بین سنگ­ها و علف‌های حاشیه رودخانه زندگی می­کنند. ماهی پس از تخم ریزی هیچگونه مراقبت والدینی از تخم­ها نمی­کند. این گونه در مسیر جریان آب در بین و زیر سنگ­ها تخم ریزی می­نماید. سرعت جریان بالای آب و رسوبات به تخم آبزیان خسارت جدی وارد می‌نماید (وی و همکاران، ۱۹۹۷). هتروزیگوسیتی پایین با توجه به کاهش اندازه جمعیت و افزایش ضریب همخونی ویژگی چنین جمعیت­هایی می­باشد (اباس و همکاران، ۲۰۱۰). رودخانه­های مورد بررسی از نظر میزان جریان آبی، حوضه آبی، ارتفاع از سطح دریا، شرایط بستر رودخانه و شرایط فیزیکی و شیمیایی خاک حوضه رودخانه کاملا متفاوت می­باشد. بر اساس آنالیز­های موجود به نظر می­رسد، Paraschisturanielseniدر مناطق مورد بررسی دارای تنوع ژنتیکی مطلوبی نبوده و با توجه به اهمیت اکولوژیک این گونه در پالایش رودخانه­ها حفظ تنوع ژنتیکی آن در مناطق مورد بررسی لازم و ضروری به نظر می­رسد. همچنین با توجه به اینکه این گونه فاقد نشانگر ریزماهواره اختصاصی بوده، در طی این مطالعه پنج جفت نشانگرریزماهواره دارای پلی‌مورفیسم برای این گونه شناسایی شد.

 

فهرست مطالب

فصلاولمقدمه

۱- مقدمه. ۲

۱-۱-کلیات ۲

۱-۲-معرفی و رده بندی جنس…. ۳

۱-۳- ژنتیک جمعیت… ۳

۱-۴-جمعیت ۴

۱-۵-تعادل هاردی-واینبرگ ۴

۱-۶-برآورد تنوع ژنتیکی ۶

۱-۷-عوامل موثر برتنوع ژنتیکی ۷

۱-۸-روش‌های حفظ تنوع ژنتیکی ۸

۱-۹- ضرورت تحقیق ۹

۱-۱۰- اهداف تحقیق ۹

۱-۱۱- فرضیه­های تحقیق ۹

 

فصل دوم-بررسی منابع

۲-۱-بررسی منابع ۱۲

۲-۱-۱-سابقه تحقیق در ایران ۱۲

۲-۱-۲-منابع خارجی ۱۵

 

فصل سوممواد و روش­ها

۳-۱- نمونه‌گیری. ۲۰

۳-۲- استخراج DNA.. 21

۳-۳- تعیین کیفیت و کمیت DNA.. 22

۳-۳-۱- الکتروفورز افقی (ژل آگارز) ۲۲

۳-۳-۲- روش اسپکتروفتومتری.. ۲۳

۳-۴- واکنش زنجیره­ای پلیمراز(PCR) 24

۳-۴-۱- بهینه سازی شرایط واکنش زنجیره‌ای پلیمراز. ۲۴

۳-۴-۲- انجام PCR.. 24

۳-۴-۳- چرخه­های حرارتی PCR.. 25

۳-۵- الکتروفورز محصول PCR.. 25

۳-۵-۱- تهیه ژل اکریل آمید. ۲۶

۳-۵-۲- رنگ آمیزی ژل پلی اکریل آمید. ۲۶

۳-۶- آنالیز آماری.. ۲۸

 

فصل چهارم- نتایج

۴-۱- بررسی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده ۳۰

۴-۲- تکثیر با استفاده از آغازگرهای مورد استفاده ۳۰

۴-۳- تعداد الل‌های واقعی(Na) و موثر(Ne) 31

۴-۴- هتروزایگوسیتی مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار(He) 32

۴-۵- تعادل هاردی- واینبرگ… ۳۲

۴-۶- آنالیز واریانس مولکولی.. ۳۴

۴-۷- شباهت و فاصله ژنتیکی.. ۳۵

 

فصل پنجم- بحث

۵-۱- بحث ۳۸

۵-۲- نتیجه‌گیری کلی ۴۳

۵-۳- پیشنهادات پژوهشی ۴۴

۵-۴- پیشنهادات اجرایی ۴۴

فهرست منابع ۴۶

ضمائم ۵۴

بافر TAE (Tris, Acetic Acid, EDTA 54

بافر سنگین کننده (Loading Buffer)  ۵۴

آمونیوم پرسولفات (A.P.S) (Amonium per sulfate)  ۵۴

TEMED 54

تهیه آکریل آمید ۳۰ درصد ۵۴

تهیه ژل آگارز ۱ ۵۵

تهیه TBEX 10(Tris, Boric Acid,EDTA)  ۵۵

تهیه بافر STE (Sodium Cloride , Tris. EDTA)  ۵۵

تهیه بافر SDS (Sodium, 2 decyle, sulfat)  ۵۵

فنل اشباع شده ۵۶

 

 

فهرست جدول‌ها

جدول۳-۱- شرایط بهینه برای اجرای واکنش­های PCR در حجم ۵/۱۲ میکرولیتر ۲۴

جدول۳-۲- چرخه حرارتی واکنش زنجیره­ای پلیمراز ۲۵

جدول۳-۳- مقادیر مورد نیاز از مواد مورد استفاده جهت آماده سازی ۲ عدد ژل اکریل آمید….. ۲۶

جدول۳-۴- محلول­های مورد نیاز برای رنگ آمیزی ژل عمودی پلی اکریل­آمید ۲۶

جدول۴-۱- خصوصیات جایگاه ژنی مورد استفاده در این تحقیق ۳۱

جدول ۴-۲- تعداد اللهاي واقعي (Na) و موثر (Ne)  ۳۱

جدول۴-۳- مقادير هتروزايگوسيتي مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار (He 32

جدول۴-۴- مقادير هتروزايگوسيتي مشاهده شده و مورد انتظار در سطح ۵ جايگاه ژني در كل نمونه‌ها       ۳۳

جدول ۴-۵- تعادل هاردي-واينبرگ در مناطق مختلف در ۵ جایگاه  ۳۳

جدول ۴-۶- ميزان Fst محاسبه شده بر اساس فراواني براي مناطق نمونه برداري ۳۴

جدول ۴-۷- ميزان ضرايب تمايز و درون آميزي و جريان ژني در لكوس‌هاي مختلف  ۳۴

جدول ۴-۸- ميزان Nm محاسبه شده بر اساس فراواني براي مناطق نمونه‌برداري ۳۴

جدول ۴-۹- آناليز واريانس مولكولي (AMOVA)، df (درجه آزادي)، SS (مجموع مربعات)، Ms (انحرافات ميانگين مربع)، Prob (معني‌دار بودن انحراف بعد از ۹۹ جايگزيني تصادفي ۳۵

جدول ۴-۱۰- ماتريس فاصله ژنتيكي ۳۶

جدول ۴-۱۱- ماتريس شباهت ژنتيكي ۳۶

 

 

فهرست شكل‌ها

شکل ۳-۱- مناطق نمونه برداری در استان فارس وبوشهر ۲۰

شکل ۴-۱- كيفيت باندهاي DNAلوچ ماهي بر روي ژل آگارز%۱ ۳۰

شکل ۴-۲- نتايج حاصل از Fst به دست آمده از آناليز واریانس مولکولی ۳۵

شکل ۴-۳-دندوگرام UPGMAبرای نشان دادن روابط فیلوژنتیک بین جمعیت‌های مناطق مورد بررسی     ۳۶

 

 

 

 

مسترداک | آموزش زبان انگلیسی | اپلیکیشن | بانک اطلاعات | برنامه نویسی و طراحی وب سایت | قالب و افزونه | پایان نامه دکترا | تاریخ | تربیت بدنی | جغرافیا | حسابداری | حقوق | رشته های پزشکی | پزشکی | روانشناسی | زبان و ادبیات فارسی | علوم تربیتی | فقه و مبانی حقوق اسلامی | کشاورزی | کلام تطبیقی | مدیریت | پایان نامه کارشناسی | پایان نامه کارشناسی ارشد | تربیت بدنی | علوم انسانی | اقتصاد | تاریخ | باستان شناسی | جغرافیا | حقوق | رشته حسابداری | روانشناسی | زبان و ادبیات عربی | زبان و ادبیات فارسی | علوم اجتماعی | علوم تربیتی | علوم سیاسی | فقه و حقوق اسلامی | کتابداری و اطلاع رسانی | مدیریت | علوم پایه | زمین شناسی | زیست شناسی | شیمی | فنی و مهندسی | برق | صنایع غذایی | عمران | کامپیوتر و فناوری اطلاعات | کشاورزی | هنر و معماری | معماری | پروژه آموزشی | تحقیق و جزوات آموزشی | ترجمه مقالات ISI | طرح توجیهی | کتاب | گزارش کارآموزی | نرم افزار |

 

مراحل خرید فایل دانلودی
اگر محصول را می پسندید لطفا آنرا به اشتراک بگذارید.

دیدگاهی بنویسید

0